鍼灸業界にも、他の業界同様に学術団体と業界団体がある。学術団体は当該分野の学術研究の向上を目的に活動している団体で、いわゆる学会と称される団体。業界団体は業界内での待遇や利益を保持・改善し、業界外への利益代表を行っている団体。
鍼灸界において、代表的な学術団体と業界団体は下の通り。

学術団体

当該分野の学術研究の向上を目的に活動している団体で、いわゆる学会と称される団体。

・一般社団法人　日本医史学会

明治25年（1892）に医師・医史学者である富士川游らが設立した私立奨進医会を前身として、昭和2年（1927）に発会。医史学を研究しその普及をはかることを目的としており、日本医学会の第1分科会に位置づけられている。西洋・東洋に関わらず医学の歴史に関する研究が発表され、鍼灸の歴史に関する研究も活発に発表されている。
機関誌は『日本医史学雑誌』。
〔ホームページ〕http://jsmh.umin.jp/

・一般社団法人　日本東洋医学会

昭和25年（1950）設立。東洋医学に関する様々な事業を行って、その進歩普及を図っている。東洋医学界最大の学会。正会員の多くは医師で、薬剤師や鍼灸師も会員となっている。平成元年（1989）には専門医制度（日本東洋医学会認定漢方専門医）を発足。平成3年（1991）に日本医学会の加盟学会となった。研究発表は湯液の臨床に関わるものが多く、そのほか生薬・鍼灸・医史の研究も発表され対象分野は幅広い。
機関誌は『日本東洋医学雑誌』『TRADITIONAL & KAMPO MEDICINE』。
〔ホームページ〕http://www.jsom.or.jp/

・公益社団法人　全日本鍼灸学会

日本鍼灸医学会（1951年に日本鍼灸学会として創設、1975年に改名）と日本鍼灸治療学会（1951年創設)が改組され、昭和55年（1980）に発足。鍼灸系の学術団体としては最大で、様々な立場や学派の鍼灸師が会員となっている。研究発表は鍼灸臨床に関するものが中心で、西洋医学的観点のものが多い。
機関誌は『全日本鍼灸学会雑誌』。
〔ホームページ〕https://jsam.jp/

・日本伝統鍼灸学会

昭和48年（1973）に経絡治療に関わる団体が中心となり日本経絡学会として設立。平成13年（2001）に現在の学会名に改称。日本で培われてきた伝統鍼灸医学の学術の構築と普及を目的とする。いわゆる東洋医学的視点に立脚した鍼灸師が多く所属し、古典を重視した研究発表が中心。
機関誌は『伝統鍼灸』。
〔ホームページ〕http://jtams.com/

業界団体

業界内での待遇や利益を保持・改善し、業界外への利益代表を行っている団体。

・公益社団法人　全日本鍼灸マッサージ師会

昭和22年（1947）に日本鍼灸按マッサージ師会連盟として発足。全鍼師会と称されている。鍼灸師の身分法制定にはじまり、その後の法律改善運動や、保険制度の改善、あるいは、国民のための鍼灸医療推進機構（AcuPOPJ）、学術講習会、保険取扱いに関するサポートなどの活動を行っている。全鍼師会に承認された鍼灸マッサージ師会が全国の都道府県に組織され活動している。
〔ホームページ〕https://www.zensin.or.jp/

・公益社団法人　日本鍼灸師会

昭和25年（1950）に全国鍼灸懇談会として発足（同年、日本鍼灸師会に改称）。日鍼会と称されている。健康保険取扱の緩和、鍼灸の単独立法の実現などを政府に働きかけるとともに、学術講習会、保険取扱いに関するサポートなども行っている。
〔ホームページ〕https://www.harikyu.or.jp/